Вы говорите, что при попытке загрузить новую версию файл не обновляется? Или он обновляет файл, но вывод браузера не соответствует новым стандартам?
Если это последняя проблема, удалите все файлы в каталоге template_c
. Если это первая проблема, возможно, вы захотите проверить ServerFault или SuperUser.