Это можно сделать, но это не обязательно хорошая идея. Вам нужно обернуть API расширения оболочки, который полностью основан на COM, поэтому его можно использовать из .NET.
Однако проблема возникает, если у пользователя есть какие-либо расширения, использующие .NET 1.1. Версия 2 CLR не может быть загружена в приложение, загружающее v1.1 CLR, поэтому это может привести к очень странным действиям. CLR 4 и .NET 4 решают эту проблему, разрешая процесс параллельного хостинга .NET.