Если нет какой-либо веской причины, по которой вы не указали (например, тысячи файлов в каталоге), сделайте это так, как вы предлагаете с помощью сценария, сортирующего файлы по времени модификации. Нет секретного метода, который я знаю.
Вы могли бы написать демона, используя inotify , чтобы отслеживать ваши каталоги и сразу устанавливать ваши ссылки, но это кажется излишним.
Редактировать : Я только что видел ваше редактирование. Поскольку у вас уже есть демон, inotify не может быть такой плохой идеей. Это было бы несколько эффективнее, чем постоянные запросы, поскольку ОС сообщит вам, когда что-то в ваших каталогах изменилось.
Я не знаю Python достаточно хорошо, чтобы указывать вам на что-то конкретное, но должна существовать оболочка для inotify.