Если таблиц не слишком много, вы можете сгенерировать скрипт из SSMS со всеми объектами и их индексами в нем, а затем просто удалить операторы CREATE TABLE, оставив индексы.
Если имеется большое количество таблиц, с которыми вы имеете дело, может быть проще использовать такой инструмент, как «Сравнение SQL» Red-Gate или Visual Studio Database Edition, для сравнения схем и создания отсутствующих индексов.