вы делаете это неправильно! если в вашем файле все команды оболочки, обрабатывайте его как скрипт оболочки.
#!/bin/bash
rm a.txt
mkdir foo
cp a.doc docs
затем в командной строке, chmod u+x commands.txt
./commands.txt
соглашение об именовании "defacto" для сценария оболочки заканчивается расширением .sh
, хотя оно может быть любым Поэтому попробуйте назвать ваш скрипт как расширение ".sh"