Возможно, вам нужно убедиться, что ваши сборки .NET находятся в каталоге приложения VB6 или, если они отлаживаются в среде IDE VB6, в каталоге VB6.exe.
Можно заставить COM-взаимодействие с .NET-сборками работать больше как COM-библиотеки (см. Параметр codebase в regasm ), но по умолчанию поиск .NET-сборок ищется обычным способом - т.е. в GAC или каталог приложений - даже при использовании через COM-взаимодействие.
Действительно простой способ понять, где должна быть ваша сборка, - это использовать утилиту sysinternals filemon .