Это потому, что вы это закомментировали. Правильный способ включить стиль для «not-ie» будет выглядеть так:
<!--[if !IE]><!-->
<link rel="stylesheet" href="not_ie.css" type="text/css" />
<!--<![endif]-->
РЕДАКТИРОВАТЬ: Конечно, лучше иметь все стандартные CSS в файле, который всегда включен, и позволить конкретный CSS переопределить. Но это может быть самым быстрым способом включить некоторый стиль, который обрабатываются всеми другими браузерами, но не имеет, и который трудно правильно изменить на значение по умолчанию для ie.