Не думаю, что постер хочет пройтись по исходному коду Java. То, что он хочет сделать, это избегать проникновения в основные библиотеки. К счастью, eclipse позволяет вам делать это с помощью пошаговых фильтров (хотя почему это не включено по умолчанию, я никогда не узнаю, я бы подумал, что люди, желающие отладить основные библиотеки, были бы крайним случаем ...). Для этого вы можете зайти в Окно -> Настройки -> Java -> Отладка -> Шаговая фильтрация , включить его и проверить пакеты, которые вы хотите автоматически перешагнуть (я проверяю их все).
См. Этот пост для получения дополнительной информации вместе с некоторыми отличными скриншотами - http://www.eclipsezone.com/eclipse/forums/t83338.rhtml