Просто небольшая поправка к предыдущему решению:
yourCurrentSubWindow.getApplication().getMainWindow().addWindow(myNewSubWindow);
Эти дочерние окна, встроенные в div-базы, не могут содержать вложенных окон, но главное окно (и любые другие собственные окна верхнего уровня) могут.