Согласно javadoc для getChildren (String): «Возвращает список всех дочерних элементов, вложенных напрямую (на один уровень глубиной) в этот элемент с заданным локальным именем и принадлежащих к пространству имен». Я думаю, проблема в том, что у ваших элементов есть пространство имен, и вы должны использовать getChildren (String, Namespace):
Namespace ns = Namespace.getNamespace("skos", [String uri]);
List l = elem.getChildren("Concept", ns);