Я знаю, что этот вопрос относится к Windows, но поскольку уже было дано так много ответов, я просто подумал расширить его и для пользователей Linux, чтобы он также был полезен для будущих пользователей.
Так что в Linux вы можете сделать
Ctrl + L
чтобы очистить окно команд MySQL, запущенное через терминал .:)