Использование системы контроля версий будет лучшим подходом.
У вас будет один файл конфигурации, и каждый клиент может "проверить его" и изменить его по своему усмотрению в соответствии со своей средой (разработка, тестирование, производство и т. Д.).
Вероятно, вы настроите производственную конфигурацию для вашей системы контроля версий, и у вас будет настроенная версия в среде разработки. Только не регистрируйте свою настроенную версию на сервере контроля версий.
Я не знаю, в какой операционной системе вы работаете, но я бы порекомендовал TortoiseSVN (для Windows) и Beanstalk (размещенная служба Subversion), чтобы начать работу с минимальные усилия Если вы предпочитаете настроить свой собственный сервер SVN, VisualSVN делает это тривиальной задачей.
И вуаля, не надо больше менять конфигурацию!