Если я правильно читаю соглашение, запрет на отправку приложений с бета-версией 3.2 распространяется только на SDK, а не на инструменты. Если вы установили базовый SDK вашего приложения в SDK ранее 3.2 (который он, вероятно, уже есть), вы можете создать его из 3.1 и более ранних SDK, выбрав их в меню «Overview» в Xcode.
Я отправил обновления для своих приложений для iPhone, созданных с помощью 3.0 SDK с помощью бета-инструментов 3.2, и они были приняты без проблем. Пока вы не пользуетесь новым SDK , все будет в порядке.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Я не работаю на Apple, я не юрист, бла-бла. Но это работает для меня, и в предупреждении указывается только «iPhone SDK 3.2». Инструменты Xcode не упомянуты.