Если вы игнорируете 80% рынка (да, IE), то XHTML очень хорошо поддерживается, и у поисковых систем нет никаких проблем с ним (в конце концов, XHTML намного проще обрабатывать).
В целом, поддержка XHTML на самом деле не проблема. IE не поддерживает его, но до тех пор, пока он служит типом контента, который он понимает, он все равно будет отображаться нормально, а все остальные поддерживают его правильно.
У вас есть более конкретные варианты использования?