Используйте leiningen и создайте uberjar (автономный jar, содержащий все зависимости) из проекта.
Как упоминает Алекс Отт в комментарии к моему ответу, еще один способ создать ваше приложение - это использовать Maven + плагин Clojure для maven. После этого вы можете использовать такой инструмент, как IzPack, для создания установщика или исполняемой оболочки для вашего артефакта jar. Конечно, вы можете использовать IzPack с leiningen - его вообще не волнует система сборки - только файлы, полученные в результате :-)
После того, как у вас есть uberjar, есть много вариантов, чтобы обернуть его в собственный исполняемый модуль запуска для Windows - izpack2exe , jsmooth, jar2exe, executor и т. Д.