У меня просто была похожая проблема. Условные комментарии не сработали правильно, и я все перепробовал. Проблема заключалась в том, что у меня был метатег, совместимый с X UA, который явно влияет на рендеринг. Так что следите за этим, потому что это может быть причиной.
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=7" />