ОК, вы находитесь на отдельном заголовке и хотите быть на главном (в настоящее время на A), но с главным на D, который является прямым потомком.
git checkout master
# This will fast-forward master to D
git merge D
D 'и C'больше не будет ни в одной ветке, поэтому они не будут видны и в конечном итоге будут собираться мусором.