Если вы используете sqlitejdbc-v056.jar (они говорят, что скоро выпустят новый), вам нужно будет убедиться, что ваши проблемы не связаны с JDBC, прежде чем задавать вопросы команде SQLLite.
Если вы запустите нативную версию / JNI, то вы получите лучшую производительность, но вам также нужно будет позаботиться об установке нативных общих библиотек (dll в windows) на ящики ваших клиентов.
Когда вы используете несколько программ, вы всегда сталкиваетесь с попытками получить поддержку от каждого из них и поддержку от каждого пальца команды, указывающего на другого.
Это одно из преимуществ использования приобретенного программного обеспечения и оплаты поддержки.