Лучший способ сделать это - перехватить определенные URL-адреса в функции делегата UIWebView
– webView:shouldStartLoadWithRequest:navigationType:
Это можно вызвать из javascript, установив местоположение окна:
window.location = "mycomprotocall:showMoadViewController";
Изучите это в функции делегата, затем выполните любой собственный код.