Я бы, вероятно, использовал аргумент -file, как в
-file "C:\PowershellScripts\script.ps1"
вам может понадобиться сначала установить политику выполнения, если она еще не установлена неограниченно в вашей системе.
На моей машине, в 64-битной коробке Windows 7 с 64-битным Eclipse и 64-битной jdk (1.6), я могу заставить работать вещи, если для поля «arguments» установить:
-executionpolicy unrestricted -file "c:\code\test.ps1"
Альтернатива, которая также работала для меня, была:
Установить приложение для запуска как C:\Windows\System32\cmd.exe
Установите в поле аргументов что-то вроде:
/c "powershell -executionpolicy unrestricted -file c:\code\test.ps1"
Мне это кажется чрезмерно рубиновым Голдбергяном, но стоит попробовать посмотреть, можно ли обойти ваши проблемы, используя обычную оболочку.
У меня на короткое время появились симптомы, похожие на то, что вы описываете, но я больше не могу их воспроизводить.