Добавление кода Google Analytics в iframe должно работать просто отлично. Возможно, самый простой способ избежать дублирования отслеживания - это добавить параметр запроса, например? Partner = foo, в URL-адреса, используемые вашими партнерами. Вы можете проверить ценность своего собственного сайта и вообще не запускать код Google Analytics, а также передать идентификатор партнера в Google, чтобы можно было разбить отчеты по партнерам.
EDIT
Используйте? Utm_source = foo в качестве параметра партнера, и Google Analytics подберет его без вашего участия. Отфильтруйте свои собственные впечатления с помощью
if ( location.href.indexOf("utm_source=mysite") < 0 )
{
// Google Analytics code here
}
или вы можете настроить фильтр в своем профиле Google Analytics, чтобы отфильтровать их.