Когда я создаю свое решение, оно сбрасывает все двоичные файлы в одну папку. Как я могу заставить его разбивать файлы по проектам, как это делает Visual Studio?
Просто отредактируйте файл TFSBuild.proj для сборки и добавьте его к группе свойств:
<CustomizableOutDir>true</CustomizableOutDir>
Это автоматически приведет к тому, что сборка выведет выходные данные сборки в обычном режиме (как в Visual Studio).