Я использую JOGL в крупном настольном приложении, и оно прошло успешно. По сути, это так же быстро, как OpenGL. Я не могу ни о чем говорить в Интернете - я подозреваю, что вам лучше всего написать апплет JOGL с помощью WebStart. Посмотрите на некоторые примеры JOGL.
JOGl - очень тонкая оболочка над OpenGL. Если вы знаете OpenGL, вы можете использовать JOGL. Если вы не знаете OpenGL, изучение JOGl - это то же самое, что изучение OpenGL (задача не из легких). Практически все, что вы можете делать в OpenGL, вы можете делать в JOGL.
У нас были проблемы с аппаратным ускорением в Linux (кто этого не делает), и некоторые конфигурации Linux могут привести к сбою нашего приложения JOGL (не обязательно других). Это известная проблема, и у вас, вероятно, будут проблемы с 3D в Linux, что бы вы ни делали.
Я также знаю других людей, успешно использующих JME и LWJGL на рабочем столе.