Это похоже на проблему с вашей установкой msys / mingw для меня. Если вы посмотрите на результаты конфигурирования, это показывает, что rm не удалось и фактически сбросил ядро в середине конфигурации. Я бы серьезно подумал об удалении MinGW и msys и переустановке с нуля. Убедитесь, что некоторые основные команды работают (например, rm), а затем попытайтесь пересобрать из исходного кода.
Еще одна вещь, на которую следует обратить внимание: если у вас не установлен TCL, стандартная объединенная сборка завершится неудачно. Поэтому вам следует либо установить TCL в msys, установить дистрибутив ActiveState и связать tclsh с tclsh85, либо настроить SQLCipher с параметром --disable-amalgamation.