Если ваши клиенты могут использовать современные сборки браузеров, вы можете использовать поддержку полей загрузки нескольких файлов, которую предлагает mozilla / webkit. В противном случае, YUIUpload из последней YUI3. Гораздо чище / быстрее / проще, чем SWFUpload.