http://php.net/manual/en/configuration.file.php говорит:
php.ini ищется в этих местах (по порядку):
. , .
Вы можете просмотреть этот список и посмотреть, поможет ли один из методов в вашем случае. Например, вы можете установить переменную среды PHPRC, или вы можете поместить разные файлы php.ini в каждый текущий рабочий каталог, предполагая, что у каждого виртуального хоста есть отдельный cwd.
Обратите внимание, что при использовании Apache и mod_php или другого модуля, внедряющего PHP в веб-сервер (например, FastCGI), файл php.ini читается один раз при запуске веб-сервера. Когда вы используете PHP в формате CGI, файл php.ini читается при каждом веб-запросе, поэтому у вас больше возможностей использовать другой файл php.ini
.