Я предполагаю, что вы имеете в виду IIS 6.
Вместо того, чтобы вообще отключить выключение, возможно, вы можете просто увеличить время ожидания, прежде чем убить процесс. Сервер по существу сохраняет ресурсы - если ваш сервер может выдержать выделение ресурсов для процесса, который в основном сидит без дела, тогда не будет никакого вреда, если его оставить.
Как вы упомянули, установка автоматической рециркуляции процесса на ограничение памяти была бы хорошей идеей, если есть вероятность утечки памяти.