Под "lil_matrix" вы подразумеваете scipy.sparse.lil_matrix? Если это так, вам придется преобразовать ваш разреженный массив в обычный плотный массив, чтобы выполнять побитовые операции с ним, я считаю.
a = np.asarray(A.todense())
np.bitwise_and(a[1,:], a[2,:])
Должен сделать трюк, я думаю ...
РЕДАКТИРОВАТЬ: Забыли "asarray" там ...