Вы зациклены на том, как выглядит IDE при создании проекта установки. Папка «файлы приложения» отсутствует, проект Setup создает файл setup.exe при его сборке. Это единственный файл, который вам нужно передать клиенту.
Узел "файлы приложений" на экране - это просто контейнер, в который вы можете помещать файлы при создании проекта установки. Эти файлы будут доступны в каталоге установки приложения после . Ваш клиент запускает установщик setup.exe на своем компьютере.
На самом деле запустите setup.exe на своем компьютере, чтобы посмотреть, как он будет выглядеть на компьютере вашего клиента.