Краткий ответ: да, Apache поддерживает PHPIniDir в Windows.
Одна вещь, на которую вы, вероятно, должны обратить внимание, - правильно ли указан путь к вашим расширениям в используемом вами php.ini, потому что если это не так, Apache не запустится. И если Apache не запускается, то проверка вашего журнала ошибок Apache может быть полезна для поиска причины.