Я обнаружил, что дизайнер Entity Framework оставляет желать лучшего, поэтому я обнаружил, что лучший способ - это редактировать .edmx вручную.
Файл .edmx содержит 3 основных раздела, один из которых представляет модель хранилища (базы данных), один представляет концептуальную модель, а другой - отображение двух моделей
Если я правильно понимаю, вы удалили Table2 из концептуальной модели, и поэтому вы должны удалить все, что с этим связано, в концептуальной части EDMX. Скорее всего, таблица 1 будет по-прежнему иметь связь с таблицей 2, которую нужно удалить. К сожалению, ручное редактирование файла .EDMX будет перезаписано, если вы когда-либо будете использовать конструктор для регенерации модели.