Поскольку у вас есть исходный код, вы можете проверить его, выяснить, где он хранит ссылку, и убедиться, что он выпущен.
Если вы не можете понять, где это сделать, вы можете загрузить код в отдельный AppDomain и выполнить там свой код. Когда вы закончите, вы можете выгрузить AppDomain, и ваше приложение освободит любые объекты. Затем заново создайте домен приложения для следующего запуска.
Но я бы постарался потратить некоторое время на выяснение реальной проблемы перед использованием доменов приложений.
И еще одна вещь. Вы получаете ошибку GDI, когда вы выполняете один и тот же файл дважды или два разных файла подряд? Возможно, он не загружает изображение второго файла и выдает ошибку.