Зачем вам нужен один файл .cs? Если вы пытаетесь создать один класс , вы можете использовать частичные классы ... хотя это не очень хорошая идея, если у вас есть 9000 строк кода.
Как вы хотите, чтобы произошло слияние? Если это просто прямая конкатенация:
copy Foo.cs + Bar.cs Output.cs
Я подозреваю, что вам понадобится что-то более умное - в этом случае вам нужно написать небольшой инструмент для слияния, а затем запустить этот инструмент в событии после сборки.
Можете ли вы дать нам более подробную информацию о том, почему вы хотите это сделать? Там может быть лучший подход.