Я предпочитаю использовать ссылки, поскольку они были введены для неуправляемого C ++ в VS 2005. Разница (с точки зрения неуправляемого разработчика C ++) заключается в том, что ссылка хранится в файле .vcproj , а зависимости проекта хранятся в .sln file.
Это различие означает, что когда вы повторно используете свой проект в различных решениях (а я часто это делаю), вам не нужно заново определять межпроектные отношения.
Visual Studio достаточно умен, чтобы не зависеть серьезно от путей проектов, когда он устанавливает ссылочные отношения.