Самый простой способ сегментировать изображение по регионам - это создать другое изображение, называемое labelmap. «Область 1» представлена всеми 1-значными пикселями в карте меток и так далее. Если вам нужны пиксели «региона 3», вы просто преобразуете карту меток в двоичную форму с полем, равным 3, и умножаете результат на исходное изображение.
Как и Оливер, я советую WrapItk .