Использовать подпроцесс . Вызовите Popen (), чтобы создать свой процесс, и используйте connect (), чтобы отправить ему текст. Извините, забыл включить ТРУБУ ..
from subprocess import Popen, PIPE
proc = Popen(['server', 'stop'], stdin=PIPE)
proc.communicate('password')
Лучше избегайте пароля и попробуйте такую схему, как sudo и sudoers. Pexpect, упомянутый в другом месте, не является частью стандартной библиотеки.