Начиная с Eclipse 4.5 (начиная с Mars M5) поддерживаются подпроекты.
Либо импортируйте многомодульный проект maven, например здесь .
Или создайте структуру каталогов следующим образом.
BaseProj
----.project
----JavaSubProject1
--------.project
--------.classpath
--------src
--------JavaSubProject2
------------.project
------------.classpath
------------src
Используйте «Файл-> Импорт-> Существующие проекты в рабочую область» и импортируйте только BaseProj. Это будет импортировать все проекты.
Обязательно активируйте иерархическое представление в Project Explorer.
Позднее редактирование - при использовании диалога импорта установите флажок «Поиск вложенных проектов», в противном случае будет создан только BaseProj.