Я могу думать только об одной возможности: мой опыт работы с rsync заключается в том, что он создает структуру каталогов до копирования файлов в Rsync, возможно, преждевременно завершает работу, но после того, как этот шаг каталога был завершен.
Update0
Вы упомянули, что бегали всухую. Rsync по умолчанию показывает только имена каталогов, когда каталог и все его содержимое отсутствуют на приемнике.
После долгих экспериментов я могу воспроизвести описанное вами поведение только в том случае, если каталоги в источнике имеют более поздние даты изменения, чем в получателе. В этом случае время модификации настраивается на приемнике.