Приложения AIR могут быть автономными в том смысле, что они могут работать без пользовательского интерфейса, запускаться при загрузке и так далее. Я не уверен на 100%, что их можно установить без пользовательского интерфейса, хотя это не может быть проблемой, если есть возможность временно получить серверный пользовательский интерфейс с удаленным рабочим столом любого типа.
Но вы должны знать, что сейчас это не поддерживаемый вариант использования AIR. Я вспоминаю, что видел проблему (больше не могу найти ссылку), когда кто-то написал серверное приложение AIR, которое какое-то время работало нормально, а затем перестало отвечать, и когда они переместились на сервер, обнаружил, что среда выполнения остановилась вверх диалог обновления, и он ждал ввода. Я считаю, что в настоящее время нет способа избежать подобных вещей.