Я тоже это видел.
Если у вас открыта всплывающая подсказка wpf и вы нажимаете Alt-Tab для другого приложения, всплывающая подсказка wpf остается видимой, даже если само приложение wpf не отображается.
Вы можете программно закрыть всплывающую подсказку, когда ваше приложение wpf больше не активно.