На самом деле, я только что понял, что могу найти все ссылки на проект в файле prj. Каждая ссылка выглядит примерно так:
<Reference Include="Interop.FOO, Version=1.0.0.0, Culture=neutral,
PublicKeyToken=9d6cef09c63e9262, processorArchitecture=MSIL">
<SpecificVersion>False</SpecificVersion>
<HintPath>..\..\Lib\Interop.FOO.dll</HintPath>
</Reference>
Все, что мне нужно сделать, это найти аналогичную ссылку в другом проекте и сравнить их в текстовом редакторе или в приложении diff.