Могу я спросить, что вы подразумеваете под "сортировкой java-файлов в правильные каталоги (после их создания)"? В Java, если структура пакета и структура каталога не совпадают, это не позволит вам скомпилировать.
Фактически, если вы хотите организовать классы, вы используете Eclipse IDE (или любую другую IDE в этом отношении), выбираете группу классов и говорите «Переместить», чтобы указать имена пакетов, и он автоматически переместит их в соответствующие пакеты. (и физические каталоги)