Поскольку вы спрашиваете «лучший путь» и уже упоминаете «версионирование», я предполагаю, что у вас есть некоторый контроль версий (в отличие от затмений, связанных с «Местной историей»). По сути, это «лучшая практика», когда контроль версий при работе в одиночку. Используйте это, и все готово.
Это позволяет вам не только перейти на новую машину (как вы упомянули в комментарии к вопросу Мэтта Б), но и одновременно работать - на старой и новой машине - если вы обнаружите, что полагаетесь только на какой-то внешний компонент доступно в старой среде. Это также поможет вам очистить рабочее пространство и репозиторий от жестко закодированных путей к библиотекам и скорее полагаться на логические имена библиотек.