Вы можете использовать git format-patch origin/master, чтобы получить все патчи, так как ваша текущая ветвь разветвлена с сервера. (Заголовок считается последним аргументом команды, поэтому вы получаете origin/master..HEAD.)
Однако, как намекает VonC, это может потенциально создать много файлов: один файл .patch на каждый сделанный вами коммит! Если вам нужен только один большой файл патча, синтаксис git-diff, который он упоминает, должен помочь. (git diff origin/master.. > bigpatch.patch даст вам все изменения, начиная с общего предка вашего HEAD и сервера.)