Хотя, безусловно, возможно разместить среду выполнения asp.net в настольном приложении, это потребует небольшого количества сантехники, которую вам потребуется выполнить вручную. Если вы хотите использовать поставщика членства, вам также придется обрабатывать сертификаты.
Я бы порекомендовал вам либо:
- разместить его в IIS или WAS, в зависимости от вашей системы
- разместить его в Cassini, который вы можете запускать / останавливать вручную из командной строки или программно
- разместите его в приложении Windows Forms, создав экземпляр ServiceHost и открыв его вручную.