Для обработки клонирования ваша база данных должна быть многопользовательской.
Для изменений в схеме передайте изменения в схему для этой ветви как часть репозитория.
Тогда вы должны решить, для каждой схемы, вы запускаете несколько табличных пространств в одной базе данных, несколько баз данных и т. Д.? Затем зафиксируйте указатель на правильный как часть конфигурации установки в этой ветви.