Вот метод, который я в итоге использовал:
Я проверил все на сервере разработки, включая пользовательские файлы там. Это позволяет проверить весь сервер разработки, чтобы у всех был один и тот же пакет кода.
Затем для серверов, отличных от dev-сервера, я копирую пользовательские файлы, которые были на сервере, делаю чистую проверку, «отсоединяю» каталог с пользовательскими файлами, обновляя этот каталог до версии и удаляя это из Рабочей копии, а затем копирование исходных файлов с этого сервера обратно.
Кажется, что это работает хорошо, и хотя это не идеально, это еще не вызвало проблем, потому что Subversion видит эти файлы как неверсированные.
Кроме того, для конфигурационных файлов мы добавили .template к этому небольшому количеству файлов.