Поскольку вы не предоставили подробности (например, исключения, ошибки), я предполагаю, что это проблема.
Я думаю, что проблема в том, что проводник все еще работает, когда вы запускаете команду для удаления папки,Это может быть проблема с блокировкой.
Directory.Delete(folder, false);
Либо это, либо какое-то другое приложение обращается к этой папке или ее подпапкам или файлам , если таковые имеются случайно.
Я бы порекомендовал не прикасаться к папке через проводник или любое другое приложение, если это возможно, и дождаться первого выхода обозревателя, прежде чем удалять папку.
Process p = Process.Start(@"c:\windows\explorer.exe", folder);
Thread.Sleep(TimeSpan.FromSeconds(5));
p.WaitForExit(); //<-------
Directory.Delete(folder, false);
ТакжеПожалуйста, не игнорируйте исключения и ошибки и вставьте их сюда, если они есть.
Надеюсь, это поможет.