setProperty
определенно не будет делать это автоматически (если вы не используете свой собственный тип, который переопределяет его).
store
должно быть в порядке - но я предполагаю, что вы открываете выходной поток (или пишущий) для добавления, а не перезаписи. Вы держите выходной поток открытым все время? Или, возможно, вы используете new FileOutputStream(path, true)
, который будет добавлять? Не показывая нам никакого кода, трудно понять, что вы делаете неправильно.
Как говорит WizardOfOdds, API предпочтений может быть лучшей идеей.