System.Web.dll содержит циклическую зависимость от System.Web.Services.dll.
Итак, Mono создает версию System.Web, которая не зависит от S.W.S, затем использует ее для сборки S.W.S и, наконец, создает окончательный System.Web, который заменяет первый.
Это, вероятно, не должно использовать слово предупреждение. Это просто так, и это не может быть решено.